Phường Phố Cò được thành lập vào ngày 10 tháng 4 năm 1999 theo Nghị định số 18/1999/NĐ-CP[2] trên cơ sở 465 ha diện tích tự nhiên và 4.898 người của xã Cải Đan.

Đến năm 2019, phường Phố Cò được chia thành 14 tổ dân phố: 1, 2A, 2B, 3, 4A, 4B, 5, Thanh Xuân 1, Thanh Xuân 2, Tân Huyện, Tân Mới, Việt Đức, Kè, Thành Ưng.

Ngày 11 tháng 12 năm 2019, sáp nhập tổ dân phố 5 vào tổ dân phố 3, sáp nhập hai tổ dân phố Kè và Thành Ưng thành tổ dân phố Kè Ưng.[3]